Я не уверен, что белок - это квантовый компьютер. Например, то, что потенциальная поверхность сворачивания имеет, судя по всему, форму воронки (хороший обзор в Wolynes PG, Recent successes of the energy landscape theory of protein folding and function, Q Rev Biophys, 2005, 38(4):405), скорее наводит на размышления об аналоговом компьютере.

В любом случае, из того, что известно про кинетику сворачивания, совершенно очевидно, что эта задача решается молекулами не путем полного перебора (или какой-то другой разновидностью метода "грубой силы").